Vor 2,6 Milliarden Jahren, in der Archäozoikum-Ära, waren Cyanobakterien auf der Erde sehr weit verbreitet. Zu dieser Zeit waren Cyanobakterien nicht nur zahlreich und vielfältig, sondern sie konnten auch während ihres Wachstums Kalksteinschichten außerhalb ihrer Zellen mit Algenfilamenten verbinden, um spezifische Sedimentstrukturen zu bilden. Diese Strukturen halfen den Algen nicht nur beim Wachstum, sondern stärkten auch ihre Widerstandsfähigkeit gegen Meerwasserangriffe. Die Algen wuchsen in Schichten, die sich im Laufe der Zeit vergrößerten. Je nach Jahres- und Monatszeit variierte die Wachstumsgeschwindigkeit, was zu unterschiedlich dichten und dunklen Schichten führte, einschließlich gekrümmter, konischer oder flacher Schichten. Diese Sedimentstrukturen werden als Stromatolithen bezeichnet. Stromatolithen aus dieser Zeit sind sehr häufig und wurden auf der ganzen Welt gefunden.
Nach dem Ende des Archäozoikums nahmen Stromatolithen allmählich ab. Es wird vermutet, dass dies auf das Auftreten von Tieren auf der Erde zurückzuführen ist, die diese Algen aßen und deren Anzahl rapide zurückging. Selbst wenn Stromatolithen gebildet wurden, waren sie nur noch in sehr geringem Umfang vorhanden, und nach dem Kambrium sind Stromatolithen noch seltener. Heutzutage sind Stromatolithen in flachen Meeresgebieten wie der Westküste Australiens und den Bahamas in Mittelamerika weit verbreitet. In anderen Gewässern, wie Seen und Ozeanen, sind Cyanobakterien zwar häufig, aber die meisten werden von Fischen und Garnelen gefressen. Nur wenn die Gewässer überdüngt sind, kommt es zu einem Ausbruch oder einer schnellen Vermehrung der Algen, was jedoch nicht mehr mit den Bedingungen für die Bildung von Stromatolithen vergleichbar ist.