2,6 миллиарда лет назад, в протерозойскую эру, на Земле процветали цианобактерии. В этот период цианобактерий было много, они быстро размножались и образовывали уникальные осадочные структуры, состоящие из их клеток, внеклеточного вещества и связанных между собой нитями водорослей. Эти структуры не только помогали водорослям расти, но и повышали их устойчивость к воздействию морской воды. Водоросли располагались слоями, которые росли вверх, и в разные сезоны и годы их рост происходил с разной скоростью, образуя слои разной плотности и яркости, включая изогнутые, конусообразные или плоские слои, которые называются строматолитами. Строматолиты, образовавшиеся в этот период, были очень распространены и обнаружены по всему миру.
После окончания протерозойской эры строматолиты постепенно исчезли. Предполагается, что это произошло из-за появления на Земле животных, которые стали есть эти водоросли, в результате чего их количество резко сократилось. Даже оставшиеся строматолиты были очень маленькими, а после кембрийского периода они стали ещё более редкими. В настоящее время строматолиты широко распространены в мелководных районах у западного побережья Австралии и на Багамских островах в Центральной Америке. В других местах, таких как озера и океаны, цианобактерии хотя и встречаются часто, но в основном становятся пищей для рыб и креветок. Только в случае чрезмерного накопления питательных веществ в воде они могут быстро размножаться, вызывая цветение водорослей, но это уже совершенно не связано с условиями, в которых образовались строматолиты.