2,6 miliardi di anni fa, durante l'era Precambriana, i cianobatteri erano molto diffusi sulla Terra. In questo periodo, i cianobatteri non solo erano numerosi e diversificati, ma durante la loro crescita potevano utilizzare la materia inorganica presente al di fuori delle loro cellule, unita ai filamenti algali, per legare i frammenti di carbonato circostanti, formando così strutture di deposito caratteristiche delle alghe. Queste strutture non solo aiutavano le alghe a crescere, ma anche a resistere meglio agli attacchi dell'acqua di mare. Le alghe si sviluppavano in strati successivi, crescendo verso l'alto e a velocità diverse nelle diverse stagioni e anni, lasciando strati più o meno densi e più o meno scuri, inclusi strati arrotondati, conici o piatti, che formavano strutture di deposito chiamate stromatoliti. I depositi di questo periodo erano molto diffusi e si potevano trovare in tutto il mondo.
Dopo la fine dell'era Precambriana, gli stromatoliti iniziarono a diminuire. Si ipotizza che ciò sia dovuto all'emergere degli animali sulla Terra in questo periodo, che hanno mangiato queste alghe, riducendone rapidamente il numero, e anche se gli stromatoliti si formavano ancora in piccole quantità, erano rari negli strati successivi al Cambriano. Gli stromatoliti attuali sono ancora ampiamente diffusi in zone di acque poco profonde come la costa occidentale dell'Australia e le Bahamas in America Centrale. In altri luoghi, come i laghi e gli oceani, i cianobatteri sono molto comuni, ma la maggior parte di essi diventa cibo per pesci e gamberi, e solo in caso di eutrofizzazione dell'acqua possono proliferare rapidamente, causando un'invasione di alghe, ma questo è un ambiente completamente diverso da quello in cui si formano gli stromatoliti.