高等植物のすべてのグループの中で、コケ植物は非常に特別なグループに属します。その配偶体は高度に発達し、栄養と繁殖の機能を担っている。胞子体は配偶体に寄生し、独立して生きることができない。他の高等植物とは全く異なる構造は、コケがどこから進化したのかに特に注目している科学者の関心を集めている。しかし、これまでのところ、信頼できる化石証拠はなく、科学者たちは体の構造からコケの祖先を推測することしかできませんでした。
多くの科学者は、現生のコケと藻類の間に中間型が存在することから、コケは藻類から直接進化したと考えている。コケの中では、コケは比較的原始的なグループです。緑藻の中にはコケ類と構造が似ている種がある。同様に，コケ植物の中の藻苔属は，コケと藻類の両方に似た構造形態であり，配偶体と頸卵器の構造が非常に単純で原始的であることから，藻苔属のメンバーは藻類からコケへの移行の中間型であると考えられている。
しかし、コケは胞子体の劣化と配偶体のさらなる複雑化の結果として、原始的なシダから進化したと考える科学者もいます。シダのいくつかの種はコケに似た非常に単純な形態構造を持ち、いくつかの種は泥炭コケやクロコケに似た胞子嚢構造を持つ。また、地質年代から見ると、コケ植物は裸シダ植物よりも数千万年後に出現しており、年代からもその進化の順序を説明することができる。
要するに、コケは植物の進化において盲目の枝となっている。彼らは配偶体の独立した生活を特徴とし、他の高等植物は胞子体を発達させる傾向があり、両者の進化の方向性は逆である。配偶体は無性生殖の産物であり、胞子体は有性生殖の産物である。対照的に、後者の活力と発展の見通しは明るいです。実際、自然界にはコケから進化したより高度なグループは存在しません。