早在18世紀，瑞典植物學家林耐和其他博物學家，就開始探尋地球上各類生物之間的親緣關係。他們依據生物性狀的異同，梳理出生物的從屬層級，建立了一套階梯式分類系統，包含界、門、綱、目、科、屬、種七個等級。如今，這七個階梯已經成為國際公認的標準生物分類系統。
在整套生物分類系統中，種是最基礎的分類單位，也是自然界客觀存在的生物實體。由於世界各國語言文字存在差異，若各國自行給物種命名，會出現同種異名、異種同名的混亂問題，極大阻礙國際學術交流。為解決這一問題，學界統一採用林耐創立的 雙名法 ，作為全球通用的物種學名命名規則。
生物分類的核心等級依次為：界、門、綱、目、科、屬、種。雙名法有著嚴格的書寫規範：所有物種的學名由兩個拉丁文或拉丁化文字組成，整體採用斜體書寫。其中第一個詞為屬名，採用拉丁文名詞形式，首字母必須大寫;第二個詞為種名，採用拉丁文形容詞形式，首字母無需大寫。例如人種的學名為homo sapiens，虎的學名為felis tigris。
在正規的分類學文獻中，物種學名的末尾需要標註命名人的姓氏或姓氏縮寫，以此標註命名來源。例如白菜的學名brassica chinensis l.，末尾的l.是林耐拉丁名字liné的縮寫，代表該物種由林耐命名。
除基礎的雙名法外，生物分類中還有用於細分物種的 三名法 ，主要適用於種以下的次級分類。在動物分類中，種以下的分類單位為亞種，命名時需在物種雙名後追加亞種名稱。例如現代人的學名是homo sapiens sapiens，末尾的sapiens為亞種名，指代智人亞種，以此區別於尼安德特人homo sapiens neanderthalensis。
植物學的次級分類命名規則略有不同，種以下的分類單位不叫亞種，而是變種。命名時需在物種學名後添加正體書寫的變種縮寫var.，再續寫變種名稱，同樣屬於三名法。例如甘藍的學名為brassica oleracea，花椰菜、捲心菜作為甘藍的變種，學名分別為brassica oleracea var.botrytis、brassica oleracea var.capitata。
在生物分類研究中，若遇到無法精準確定具體物種的情況，可採用通用標註方式：在屬名後添加正體書寫的物種縮寫sp.，代表該屬的不確定物種，例如macaca sp.即指代猴屬的某一未定種。
生物七大分類等級遵循層層歸類的邏輯：相似的種歸為同一屬，相似的屬歸為同一科，相似的科歸為同一目，相似的目歸為同一綱，相似的綱歸為同一門。而分類系統中最高級別的階梯為“界”，從生物演化角度來看，界代表著生物進化過程中最早期的物種分化。