Hace 2,6 mil millones de años, durante el Proterozoico, las cianobacterias eran muy abundantes en la Tierra. En aquel entonces, las cianobacterias no solo eran numerosas y diversas, sino que, durante su crecimiento, podían unirse con sustancias calcáreas fuera de sus células y algas filamentosas para formar estructuras de sedimentos características de las algas. Estas estructuras no solo ayudaban a las algas a crecer, sino que también mejoraban su capacidad para resistir la agresión del agua de mar. Las algas se disponían en capas y crecían hacia arriba. Además, su ritmo de crecimiento variaba según las estaciones y los años, lo que dejaba estratos de diferente densidad y luminosidad, incluyendo formas curvas, cónicas o planas. Estas estructuras de sedimentos se conocen como estromatolitos. Los estromatolitos formados durante este período eran muy abundantes y se pueden encontrar en todo el mundo.
Después del final del Proterozoico, los estromatolitos comenzaron a declinar. Se cree que esto se debió a la aparición de animales en la Tierra durante este período, que comían este tipo de algas, lo que provocó una rápida disminución de su número. Incluso cuando se formaban estromatolitos, estos eran de pequeña escala, y después del Cámbrico, los estromatolitos eran aún más raros. Actualmente, los estromatolitos se distribuyen ampliamente en zonas de aguas poco profundas de la costa oeste de Australia y de las Bahamas en América Central, entre otros lugares. En otros lugares, aunque las cianobacterias son muy comunes en lagos y océanos, la mayoría de ellas se convierten en alimento para peces y camarones. Solo cuando las aguas están muy contaminadas pueden proliferar y causar floraciones de algas, pero esto es completamente diferente del entorno en el que se forman los estromatolitos.