Il y a 2,6 milliards d’années, pendant l’Archéozoïque, les cyanobactéries étaient très abondantes sur Terre. À cette époque, les cyanobactéries étaient non seulement nombreuses et variées, mais elles pouvaient également former des structures de sédimentation caractéristiques des algues en ajoutant de la matière grise provenant de l’extérieur de leurs cellules et en liant les fragments de carbonate environnants avec des filaments d’algues pendant leur croissance. Ces structures non seulement aidaient les algues à se développer, mais elles renforçaient également leur résistance à l’action de l’eau de mer. Les algues se disposaient en couches successives, se développant vers le haut, à des rythmes différents selon les saisons et les années, ce qui laissait des couches plus ou moins denses et claires, avec des formes sinueuses, coniques ou plates. Ces structures de sédimentation sont appelées stromatolites. Les stromatolites formés à cette époque étaient très abondants et ont été trouvés partout dans le monde.
Après la fin de l’Archéozoïque, les stromatolites ont progressivement décliné. On pense que cela est dû à l’apparition des animaux sur Terre pendant cette période, qui ont commencé à se nourrir de ces algues, réduisant ainsi leur nombre. Même lorsque les stromatolites se formaient, ils étaient déjà de petite taille, et ils sont devenus encore plus rares dans les strates géologiques postérieures au Cambrien. Les stromatolites actuels sont encore largement répandus dans les eaux peu profondes de la côte ouest de l’Australie et des îles des Bahamas en Amérique centrale. Dans d’autres endroits, les cyanobactéries sont très communes, mais la plupart d’entre elles sont consommées par des poissons et des crevettes. Seulement lorsque les eaux sont très eutrophiques, les cyanobactéries peuvent se multiplier rapidement et provoquer une prolifération d’algues, mais cela n’a plus rien à voir avec l’environnement dans lequel les stromatolites se sont formés.