I primi fossili di pterosauri sono stati scoperti principalmente in rocce marine in Italia e a Solnhofen, in Germania. Di conseguenza, gli scienziati hanno ipotizzato che questi rettili volanti vivesse in prossimità del mare, come alcuni uccelli marini di oggi. Successivamente, con la scoperta di sempre più fossili di pterosauri e l'aumento dei siti di ritrovamento, in particolare in ambienti lacustri come quelli di Wulong e Liaoxi in Cina, gli scienziati hanno gradualmente cambiato la loro opinione precedente.
Tra 130 e 120 milioni di anni fa, durante il Cretaceo inferiore, la regione di Liaoxi era ricoperta da vaste foreste e laghi, oltre a frequenti attività vulcaniche. Quando i vulcani eruttavano, grandi quantità di gas tossici e elementi nocivi causavano la morte di numerose specie, tra cui pterosauri, uccelli e dinosauri pennuti, che venivano rapidamente sepolti da sedimenti come la cenere vulcanica. Di conseguenza, i fossili di pterosauri e uccelli, che in altri luoghi sono difficili da conservare, sono stati ritrovati in gran numero nella zona, spesso con tessuti molli come le piume ancora intatti.
I fossili di pterosauri ben conservati in ambienti lacustri, come quelli di Pterodactylus e Hesperonychus, indicano che i pterosauri vivevano non solo in prossimità del mare, ma anche nell'entroterra, vicino ai laghi o tra gli alberi; molti piccoli pterosauri avevano abitudini arboricole e si nutrivano di insetti presenti nelle foreste.