在高等植物各個類群中，苔蘚植物屬於一個很特殊的類群。它的配子體高度發達，承擔了營養和繁殖的功能。孢子體卻寄生在配子體上，不能獨立生活。這種與其他高等植物迥然不同的結構，引起不少科學家的興趣，其中，尤為關注苔蘚植物是從哪裡進化來的。但是到目前為止，還沒有可靠的化石證據，科學家們只能根據它們的身體結構來推測苔蘚植物的祖先。
許多科學家認為苔蘚植物是從藻類植物直接進化而來的，理由是在現代的苔蘚植物和藻類植物之間存在著某些中間類型。在苔蘚植物中，苔類是比較原始的類群。而在綠藻中有與苔類結構相似的物種。同樣，苔類植物中的藻苔屬，其結構形態既像苔類又像藻類，它們的配子體和頸卵器結構十分簡單原始，因此一般認為，藻苔屬成員是藻類向苔類過渡的一個中間類型。
但是也有科學家相信，苔蘚植物是從原始的蕨類植物--裸蕨進化而來的，是孢子體逐漸退化，配子體進一步複雜化的結果。裸蕨中的某些種類形態結構非常簡單，很像苔蘚植物，有些種類的孢子囊結構與泥炭蘚、黑蘚相似。而且從地質年代上看，苔蘚植物比裸蕨植物晚出現數千萬年，從年代上也可說明其進化順序。
總而言之，苔蘚植物已成為植物進化中的一個盲枝。它們是以配子體的獨立生活為特點，而其他高等植物則趨向於孢子體越來越發達，兩者的進化方向是背道而馳的。配子體是無性生殖的產物，而孢子體則是有性生殖的產物。相比較而言，後者的生命力和發展前途更加光明。事實上，在自然界中也沒有從苔蘚植物進化成的更高級的類群。