早期的翼龙化石主要在義大利和德國的所爾恩霍芬發現，因此，科學家曾推測這些會飛的爬行動物像現今的一些海鳥一樣，生活在海边。後來，随着翼龙化石的不断发现和产地的逐渐增加，特别是在中国乌尔额尔齐斯和辽西等湖相环境中发现了大量翼龙化石，科学家逐渐改变了原有的看法。
1.3 亿至 1.2 亿年前的早白垩纪辽西地区，遍布着大片森林和湖泊，同时也频繁发生火山活动。火山爆发时，喷出的大量有毒气体和有害元素会导致包括翼龙、鸟类和有毛恐龙在内的许多生物大规模死亡，并被火山灰等沉积物迅速掩埋。因此，在其他地方较难保存下来的翼龙化石和鸟类化石等，在当地不但大量发现，而且常常连羽毛等软组织结构都得以保存。
在湖相环境中保存下来的精美翼龙化石，如蛙嘴翼龙、森林翼龙等化石表明，翼龙不仅生活在海边，还生活在内陆的湖边或树林中；许多小型翼龙具有树栖生活习性，它们生活在树上，以森林中的昆虫等为食。